El museo es ante todo el instrumento de la salvaguardia y la preservación del conjunto del patrimonio. Se encarga de los estudios científicos necesarios para la comprensión y la determinación del sentido como de la propiedad. De este modo el museo contribuye a la formulación de una ética global basada en prácticas de conservación, protección y difusión de los valores del patrimonio cultural. La misión educativa del museo, sea del tipo que sea, es complementaria del estudio científico.

En mayo de 2004 se  inauguró el nuevo emplazamiento del Museo de Fuentes de Andalucía, dándole su nueva localización en el edificio municipal “José Martín Ruiz”, en la C/ Fernando de Llera y Díaz, 5; junto a la Oficina de Turismo de Fuentes de Andalucía.

A partir de su inauguración se llevaron a cabo acciones promocionales a través de dicha Oficina de Turismo utilizando folletos editados para la difusión del museo.

Este nuevo lugar para el museo está compuesto por dos salas de exposición permanente en las cuales se expone parte de la historia y las tradiciones de Fuentes de Andalucía, de la manera más extensa y objetiva posible: